根据Insomniac，《漫威蜘蛛侠2》的故事设定在《漫威蜘蛛侠：迈尔斯》事件9个月后。在这段时间里，彼得和迈尔斯一起作为蜘蛛侠保护纽约，二人已成为“默契十足的团队”。然而，同时他们在各自的个人生活中也在以不同的方式挣扎，有趣的是，J·乔纳·詹姆森也离开了他的播客节目，回到了《号角日报》。
高级叙事导演Jon Paquette表示：“故事开始时，我们的蜘蛛侠处于巅峰状态，但是彼得·帕克和迈尔斯·莫拉雷斯都在为个人生活而苦恼。迈尔斯正努力腾出时间写大学入学论文，但他总是拖延并把重心放在蜘蛛侠工作上。而同时，彼得挣扎于梅婶房子的贷款，但他不能卖掉房子，因为这房子对他意义非凡。和迈尔斯一样，彼得也试图在这么多责任中寻求平衡（但失败了）。MJ想帮助彼得偿还抵押贷款，但她的工作岌岌可危，因为J·乔纳·詹姆森回到了《号角日报》并打算大刀阔斧整顿。我们的英雄们来到了一个汇集众多十字路口的地方，面临着不确定的和一些艰难的抉择。”
与此同时，迈尔斯仍在努力应对他在原游戏中经历的创伤事件，而造成这一切的罪魁祸首——马丁·李，即“底片先生”——依然还存在，并且在最近的故事预告片中有所显现。此外，纽约还爆发了由猎人克拉文的到来引起的事件，以及寄生生物（毒液）的新威胁，显然情况将变得非常复杂。
在谈到游戏的主要反派角色毒液时，Paquette和高级创意总监Bryan Intihar还谈到了他将为故事带来的影响，以及他的到来将如何带来独特的变化，使游戏与前两部作品有所区别。
Intihar说：“我们的理念一直是，我们希望尊重该系列和蜘蛛侠的基因，但同时也不害怕改变。对于其中一个标志性角色——毒液，也是如此。虽然角色的外观和一些力量/能力对粉丝来说应该是熟悉的，但这将是一个独特的毒液故事，我们很期待大家在今年十月体验。”
Paquette补充说：“当我们决定创作一个毒液的故事时，我们知道会进行一些氛围上的变化。最好的共生故事是一个寓言:：我们每个人内心都有黑暗——但如果我们让它占据了我们的内心，会发生什么呢?随着共生生物进入我们的系列，我们的英雄被迫与各种形式的黑暗作斗争。我们想看到他们的变化，无论是内部还是外部，并感受它对周围人的影响。当“毒液”控制了他们，他们面临着真正的危险，他们可能会永远失去自己和他们所爱的人”
谈到游戏中毒液及其服装的视觉设计，高级艺术总监Jacinda Chew 说：“我们的毒液灵感来自漫画，但有很多解释，选择适合游戏的是很有趣的。他有一个独特的白色蜘蛛图标和一个人的解剖结构。他也有强大的卷须攻击，可以采取多种形式。在毒液的材料中找到液体和固体之间的平衡是很有挑战性的，因为太水会让他看起来很虚弱，太固体会很快把他变成一个触手怪物。毒液必须同时看起来既强大又半液态。”
《漫威蜘蛛侠2》将于10月20日发售，登陆PS5。